Geisingen hat vier Stadtteile: Gutmadingen und Kirchen-Hausen wurde 1972 eingemeindet, Aulfingen und Leipferdingen folgten 1974. Mit etwas mehr als 1.000 Einwohnern ist Kirchen-Hausen der größte Stadtteil, gefolgt von Leipferdingen mit knapp über 800 und Gutmadingen mit knapp unter 800 Einwohnern. Aulfingen ist mit seinen rund 580 Einwohnern der kleinste Stadtteil. Ortsvorsteher und Ortschaftsräte vertreten die Interessen der Stadtteile gegenüber der Gesamtstadt.